中國農(nóng)業(yè)科學院棉花研究所是唯一的國家級棉花專業(yè)科研機構(gòu)和全國棉花科研中心，組織和主持全國性的重大科研項目，開展國際科技合作與交流。與鄭州大學聯(lián)合共建有鄭州大學農(nóng)學院；建設(shè)有棉花生物育種與綜合利用全國重點實驗室、棉花生物育種及產(chǎn)業(yè)技術(shù)國家工程研究中心、國家引才引智示范基地等14個國家級平臺。擁有鄭州、安陽兩個所區(qū)；下設(shè)成立有河南省糧棉作物研究所，以及海南科研中心、新疆科研中心和長江科研中心。研究所開展棉花、小麥和玉米等科研工作，科技平臺優(yōu)越，技術(shù)力量雄厚。

為貫徹落實國家“一帶一路”戰(zhàn)略，中國農(nóng)業(yè)科學院西部農(nóng)業(yè)研究中心（中國農(nóng)業(yè)科學院科技援疆指揮部）以“立足新疆、統(tǒng)籌西部、輻射中亞”為目標，緊密圍繞新疆棉花、林果、生物安全、戈壁農(nóng)業(yè)、農(nóng)產(chǎn)品加工、畜牧等農(nóng)業(yè)發(fā)展重大技術(shù)需求開展科研攻關(guān)和成果示范應(yīng)用，是我國“絲綢之路經(jīng)濟帶”農(nóng)業(yè)科技成果的“集散地”，以及與中亞開展農(nóng)業(yè)科技合作的“橋頭堡”。