上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院的前身“伯特利醫(yī)院”創(chuàng)建于1920年，1952年更名為第九人民醫(yī)院，1964年正式成為上海第二醫(yī)科大學(xué)附屬第九人民醫(yī)院，2005年上海第二醫(yī)科大學(xué)與上海交通大學(xué)正式合并，改名為上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院（以下簡稱“九院”）。2015年10月，上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第三人民醫(yī)院整建制并入九院。
九院是經(jīng)上海市衛(wèi)生局核準(zhǔn)登記的政府主辦的非營利性三級甲等綜合性醫(yī)院，是一所學(xué)科特色鮮明、具備一定臨床科技創(chuàng)新核心競爭力、國內(nèi)知名的綜合性醫(yī)院。醫(yī)院現(xiàn)有南部院區(qū)（制造局路639號）、北部院區(qū)（漠河路280號）、浦東醫(yī)院（高科西路1908號）和浦東科教園區(qū)（錦尊路115號）4個(gè)院區(qū)。
九院總占地面積109畝，總建筑面積28萬平方米?？偤硕ù参粩?shù)2150張，口腔綜合椅位1000張。臨床科室64個(gè)，其中醫(yī)技科室11個(gè)。全院職工4979人。2022年醫(yī)院門急診人次數(shù)為366多萬人次，住院人次數(shù)9余萬人次，住院手術(shù)操作人次數(shù)8余萬人次，門診手術(shù)操作人次數(shù)11余萬人次，平均住院日5.7天。
　九院擁有5位中國工程院院士，醫(yī)院現(xiàn)擁有國家口腔醫(yī)學(xué)中心1個(gè)，國家口腔疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心1個(gè)，國家重點(diǎn)學(xué)科3個(gè)（口腔臨床醫(yī)學(xué)、整復(fù)外科、骨科）、國家重點(diǎn)培育學(xué)科1個(gè)（口腔基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)）、國家臨床重點(diǎn)?？?個(gè)（骨科、口腔頜面外科、牙體牙髓科、牙周病科、口腔修復(fù)科、眼科、整復(fù)外科、口腔正畸科、口腔黏膜病科）、上海市臨床重點(diǎn)?？?個(gè)、上海市教委IV類“高峰學(xué)科”1項(xiàng)，上海市教委“高峰高原學(xué)科”建設(shè)項(xiàng)目1項(xiàng)，教育部211工程重點(diǎn)學(xué)科3個(gè)、上海市臨床醫(yī)學(xué)中心3個(gè)。復(fù)旦大學(xué)醫(yī)院管理研究所中國最佳醫(yī)院聲譽(yù)排行榜2021年度綜合排名全國第23位，整形外科全國第一，口腔醫(yī)學(xué)排名全國第三，耳鼻喉科排名全國第六，眼科排名第七。2021年度中國醫(yī)院科技量值研究排行榜醫(yī)院綜合排名全國第15位，整形外科學(xué)排名全國第一，口腔醫(yī)學(xué)排名全國第三，耳鼻咽喉科學(xué)排名全國第五，眼科學(xué)和骨科學(xué)排名全國第八。
九院現(xiàn)為上海交通大學(xué)口腔醫(yī)學(xué)院、上海交通大學(xué)九院臨床醫(yī)學(xué)院教學(xué)基地，現(xiàn)擁有31個(gè)教研室。23個(gè)國家住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地、2個(gè)國家?？漆t(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)專科基地，及23個(gè)上海市?？漆t(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地。截止2022年底，醫(yī)院現(xiàn)有博士生導(dǎo)師146名，碩士生導(dǎo)師199名，設(shè)有4個(gè)博士后流動(dòng)站，27個(gè)博士點(diǎn)、33個(gè)碩士點(diǎn)。醫(yī)院共有2個(gè)國家級研究基地，6個(gè)市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，上海精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究院，6個(gè)上海市專業(yè)技術(shù)服務(wù)平臺及3個(gè)上海市工程技術(shù)研究中心等研究平臺。
2022年，九院共獲縱向科研項(xiàng)目（課題）280項(xiàng)，共計(jì)科研經(jīng)費(fèi)1.6億元。其中，獲得國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目121項(xiàng)，立項(xiàng)數(shù)位列全國綜合性醫(yī)院第10位、上海市綜合性醫(yī)院第4位。
2021年度醫(yī)院共發(fā)表SCI論文812篇，排名全國醫(yī)療機(jī)構(gòu)第8位、上海市醫(yī)療機(jī)構(gòu)第3位。國際論文被引用篇數(shù)排名全國醫(yī)療機(jī)構(gòu)第16位、上海市第3位。中國卓越論文篇數(shù)469篇，排名全國醫(yī)療機(jī)構(gòu)第26位。2021年共中文核心期刊論文篇數(shù)614篇，中文核心期刊全國醫(yī)療機(jī)構(gòu)21名。