陜西省微生物研究所前身是“中國科學院西北水土保持生物土壤研究所微生物研究室”，1979年10月在西安正式建所，隸屬于陜西省科學院。研究所定位是立足秦巴山區(qū)等西部特色微生物資源，面向國家和陜西省社會經濟發(fā)展對微生物領域的重大需求，建成擁有良好創(chuàng)新能力的現代微生物學科研機構。研究領域涉及微生物資源收集與保藏、微生物天然產物發(fā)掘與利用、功能發(fā)酵產品開發(fā)、經濟真菌全產業(yè)鏈技術開發(fā)、環(huán)境及農業(yè)微生物生態(tài)制劑研發(fā)等。截至2023年3月，全所在職人數84人，其中專業(yè)技術人員71名，高級職稱技術人員29名，博士18名，碩士36名。擁有國家級青年突出貢獻專家1人，省級突出貢獻專家1人，省三五人才2人，省科技新星1人，三秦人才津貼1人。

研究所下設五個研究中心，包括：微生物資源前期開發(fā)研究中心、農業(yè)與環(huán)境微生物研究中心、微生物工程與技術研究中心、真菌研究中心以及分析檢測研究中心，并建立省級工程中心“淀粉轉化工程技術中心”。研究所建有國內最大的秦巴山區(qū)微生物資源庫及代謝產物庫，建立了微生物天然產物及分子生物學研發(fā)平臺、微生物發(fā)酵技術平臺以及食用菌技術研究示范基地，形成了包括微生物資源研究、微生物活性物質研究、微生物定向改造、微生物發(fā)酵技術研究及經濟真菌技術研究推廣等完善的技術平臺體系。近年來，研究所大力促進科技成果轉化，先后孵化了多家微生物領域科技企業(yè)，形成了以研究所為技術開發(fā)主體的創(chuàng)新科技成果轉化模式。

近年來，研究所在多個領域取得重要進展：在科技扶貧領域，獲得國家重點研發(fā)計劃重點專項“秦巴山、呂梁山主要經濟作物提質增效技術集成研究與示范”支持，珍稀食用菌技術在柞水縣、紫陽縣科技扶貧中成果顯著；在微生物醫(yī)藥及高附加值產品開發(fā)領域，“混合核苷原料藥及片劑”、“藥用輔料環(huán)糊精系列產品”產值均超過億元，普魯藍多糖、乳鏈菌肽、重組人表皮生長因子、重組人銅鋅超氧化物歧化酶、重組磷脂酯酶等高效低成本生產技術達國內先進水平，并與國內外多家知名企業(yè)進行了技術合作或轉讓；研制蘋果專用微生物復混肥獲國家肥料證書，在省內廣泛推廣與應用；石油污染微生物修復技術在內蒙古蘇里格、新疆塔里木等石油污染區(qū)域應用推廣，為當地環(huán)境保護提供技術支撐。

“十四五”期間，研究所將繼續(xù)發(fā)揮特色微生物資源技術優(yōu)勢，更好地為生態(tài)環(huán)境、人民健康和現代農業(yè)提供服務。